Em 24 de março de 1980, o Governador Marcelo Miranda Soares nomeou os sete conselheiros para o então recém criado Tribunal de Contas do Estado de Mato Grosso do Sul (TCE/MS). O ato foi publicado no Diário Oficial n.º 305 no Boletim de Pessoal do Executivo Estadual, nomeando como primeiros conselheiros do TCE/MS: Paulo Roberto Capiberibe Saldanha, Horácio Cersózimo de Souza, Nelson Benedito Netto, Edyl Pereira Ferraz, Carlos Ronald Albaneze, Hélio Peluffo e Alcídio Pimentel. O Ato de Posse da primeira investidura do quadro de conselheiros deu-se na Assembleia Legislativa, por determinação do art. 62, das Disposições Gerais e Transitórias da Lei de Complementar n.º 01/79.

A primeira sessão oficial do Tribunal de Contas foi realizada em 28 de março de 1980, a data marca também a primeira eleição do TCE-MS, onde foram eleitos presidente e vice-presidente, respectivamente, os conselheiros Edyl Pereira Ferraz e Horácio Cersózimo de Souza. O mandato teve duração de um ano, tempo suficiente para que fosse criado o Regimento da Corte Fiscal, tarefa para a qual foram escolhidos os conselheiros Paulo Roberto Capiberibe Saldanha, Alcídio Pimentel e Nelson Benedito Netto, para comporem a Comissão responsável pela elaboração do Projeto do Regimento da Corte Fiscal. A indicação feita pelo conselheiro presidente Edyl Ferraz, atendeu a questão de ordem levantada pelo conselheiro Carlos Ronald Albaneze, durante a primeira sessão ordinária do Tribunal Pleno.

Por um período de 24 anos, o TCE/MS ocupou instalações provisórias e alugadas nas imediações da rua Ricardo Franco, no bairro Parque dos Ipês. Em 15 de outubro de 2004 o Tribunal de Contas  inicia uma nova fase com a inauguração de sua sede própria no Parque dos Poderes, uma conquista de todos: conselheiros, funcionários e população.

Construído inicialmente em dois grandes blocos de dois pavimentos, o prédio tem hoje mais de 9 mil metros de área construída, o dobro das instalações disponíveis nos antigos prédios alugados. No primeiro bloco funcionam os gabinetes dos Conselheiros, Secretaria das Sessões dos Colegiados, Secretaria de Controle Externo, Secretaria de Administração e Finanças, Diretoria de Controle Interno, Cartório, Protocolo, Diretoria de Comunicação Institucional, além do plenário, com capacidade para 179 lugares nas galerias.

No segundo bloco, estão instaladas as Auditorias, Inspetorias, Secretaria de Gestão de Pessoas, Secretaria de Tecnologia da Informação e outros órgãos técnicos.

O Ministério Público de Contas está instalado em bloco anexo ao prédio principal, com área de 604,9 metros quadrados. Já em outro bloco anexo, estão o Restaurante, Gerência de Desenvolvimento de Pessoas e Qualidade de Vida, Gerência de Engenharia, Patrimônio e Serviços.

O estacionamento para funcionários e visitantes tem capacidade para aproximadamente 400 veículos.

Atualmente o Conselho Deliberativo do Tribunal de Contas é composto do seguinte quadro: Presidência - Conselheiro Conselheiro Flávio Esgaib Kayatt; Vice-Presidente - Conselheiro Jerson Domingos; Corregedoria-Geral – Conselheiro Marcio Campos Monteiro; Ouvidoria – Conselheiro Flávio Esgaib Esgaib Kayatt; Diretor da Escola Superior de Controle Externo – Conselheiro Marcio Campos Monteiro; Presidente da Primeira Câmara – Conselheiro Osmar Domingues Jeronymo; e Presidente da Segunda Câmara – Conselheiro Marcio Campos Monteiro.

Nos últimos anos o TCE/MS vem realizando inúmeras atividades para o aprimoramento de seus trabalhos e para possibilitar que a população conheça melhor suas atribuições, entre elas a adoção do Projeto de Modernização da Gestão, que contempla o Planejamento Estratégico.

Os objetivos do Planejamento Estratégico de 2016 | 2020 são: Contribuir para o aprimoramento da Gestão Pública; intensificar a confiabilidade da imagem do Tribunal; combater a corrupção, os desvios, o desperdício e a ineficácia dos recursos públicos; intensificar a validação e acompanhamento de resultados e indicadores, desenvolver a comunicação e relacionamento com público-alvo (interno ou externo); aprimorar as ações de orientações e fiscalização concomitantes; acelerar a tramitação dos processos; aperfeiçoar as decisões com eficácia; modernizar as práticas de gestão; intensificar e aprimorar o uso da TI e Infraestrutura; capacitar e desenvolver competências pessoais, técnicas e gerenciais; promover a satisfação e o bem-estar dos servidores; otimizar a obtenção e aplicação dos recursos; alinhar a estrutura organizacional ao planejamento estratégico.